En 1979, con la fusión del INPI y el IMAN se crea el Sistema Nacional para el Desarrollo Integral de la Familia, y unos años después, derivado de la promulgación de la Ley de Asistencia Social de 1986; que reglamenta el artículo 172 de la Ley General de Salud; El DIF asume la atención de grupos sociales que han visto disminuidas sus capacidades o viven situaciones de carácter transitorio o definitivo que representan para todos sus integrantes una situación de adversidad.

A partir de entonces, y dando continuidad a una de sus acciones más representativas históricamente, el Organismo, a través del Programa de Operaciones Alimentarias conocido como “Desayunos Escolares”, entrega apoyo alimentario a millones de niños y niñas mexicanos como un soporte nutricional para prevenir la desnutrición, evitar la deserción escolar y mejorar el rendimiento académico. A partir de 1997, el financiamiento de este programa se integró en el Fondo V de Aportaciones Múltiples del Ramo 33. Este programa existe desde los años sesenta y ha llegado a ser insignia institucional. La familia y la niñez constituyen, así como dos de los grupos prioritarios para el trabajo del Sistema Nacional DIF, dando origen más adelante a los respectivos sistemas Estatales y Municipales a lo largo y ancho del territorio Nacional. El Sistema Municipal para el Desarrollo Integral de la Familia de San Juan del Río, Qro., se crea por Decreto Estatal el 6 de Marzo de 1986, como ORGANISMO PÚBLICO DESCENTRALIZADO, con personalidad jurídica y patrimonio propios.